Arrêt maladie d’un salarié : démarches et calendrier de l’employeur

À la réception d’un arrêt maladie, l’employeur doit faire avancer simultanément l’indemnisation, la paie, la protection des données et l’organisation de l’équipe. Ce guide traite d’une maladie d’origine non professionnelle du point de vue de l’employeur. Un accident du travail ou une maladie professionnelle suit un circuit différent, et l’arrêt du dirigeant indépendant relève d’autres droits.

Le rôle précis de Rappli. Pour « Arrêt maladie : démarches de l’employeur en TPE », Rappli ne remplace pas la démarche sociale ou RH détaillée ici. Après un appel manqué, son rôle se limite à afficher l’événement au tableau de bord et à envoyer le formulaire par SMS ; les informations ne remontent que si l’appelant finalise.

1. Distinguez maladie ordinaire, accident du travail et autre congé

Le premier réflexe n’est pas de saisir « absence », mais d’identifier le risque déclaré : maladie non professionnelle, accident du travail, maladie professionnelle, maternité, paternité ou autre événement. Les formulaires, délais, règles d’indemnisation et effets en paie diffèrent. En cas d’accident lié au travail ou au trajet, consultez immédiatement le guide sur la déclaration d’accident du travail.

Ne requalifiez pas vous-même un événement médical. Si les circonstances laissent penser à un accident du travail, recueillez les faits et suivez le circuit légal, avec les réserves motivées lorsqu’elles sont justifiées. Le présent guide suppose que le document reçu correspond à une maladie d’origine non professionnelle.

Le dirigeant non salarié ne suit pas la paie d’un salarié ni la même procédure DSN. Ses droits et formalités sont expliqués dans le guide de l’arrêt maladie de l’indépendant. Séparer ces intentions évite de transmettre le mauvais formulaire.

2. Datez la réception et ne collectez que les données nécessaires

Le salarié transmet à l’employeur le volet qui lui est destiné, généralement dans le délai prévu par les textes ou la convention. Enregistrez la date et le canal de réception, les dates de début et de fin, la prolongation éventuelle et les restrictions administratives utiles. Un bulletin d’hospitalisation peut valoir arrêt lorsqu’il comporte les éléments requis.

L’employeur n’a pas à connaître le diagnostic. Ne demandez pas le volet médical, un compte rendu ou la nature de la maladie. Limitez l’accès au document aux personnes chargées de la paie et des démarches. Auprès de l’équipe, indiquez uniquement l’absence et l’organisation du remplacement.

Depuis le 1er juillet 2025, l’Assurance Maladie impose un formulaire papier sécurisé pour les avis envoyés sous forme papier. L’employeur n’a pas à authentifier médicalement une prescription, mais il peut signaler une anomalie manifeste par le canal approprié sans suspendre arbitrairement toute démarche. Un arrêt transmis électroniquement par le professionnel de santé suit son circuit.

Créez une fiche d’événement : salarié, contrat, établissement, dernier jour travaillé, dates prescrites, date reçue, maintien prévu, subrogation, gestionnaire, échéance DSN et reprise. Le dernier jour travaillé doit être fiabilisé, car il influence l’attestation et l’étude des indemnités.

3. Transmettez l’attestation de salaire dans le bon délai

L’attestation de salaire permet à la caisse d’étudier les droits et de calculer les indemnités journalières. L’Assurance Maladie distingue le délai selon la subrogation et le canal. En DSN sans subrogation, le signalement doit être transmis dans les cinq jours suivant la connaissance de l’arrêt. Avec subrogation, transmettez les éléments dès réception et au plus tard avec la DSN mensuelle du mois de l’arrêt. Un arrêt d’une seule journée n’est pas dispensé du traitement initial.

Pour un employeur en DSN, le signalement d’arrêt produit l’attestation à partir des données de paie. Si le signalement est indisponible ou si la situation nécessite un autre canal, utilisez le compte entreprise sur net-entreprises et le formulaire approprié, puis transmettez l’attestation le plus rapidement possible selon la procédure applicable. Ne choisissez pas un ancien PDF par habitude.

Les données sensibles sont notamment l’identité, le dernier jour travaillé, la période, les salaires de référence, la date de reprise prévue et la subrogation. Comparez-les au contrat, aux bulletins et au relevé d’absence. Une date erronée peut retarder ou fausser l’indemnisation.

Conservez l’accusé et vérifiez les comptes rendus. Un fichier envoyé sans retour accepté ne clôt pas la tâche. Si la paie est externalisée, transmettez le document dès réception et demandez la preuve du signalement ; le délai ne commence pas à la date où le cabinet ouvre son courriel.

4. Contrôlez le signalement DSN au lieu de supposer qu’il est automatique

La DSN mensuelle décrit la paie ; les signalements d’événements permettent de transmettre rapidement certains arrêts et reprises. Vérifiez que le numéro de contrat, l’établissement, les dates et le motif concordent. Une anomalie d’identification peut empêcher le rapprochement avec le salarié.

Définissez qui déclenche le signalement : employeur, cabinet ou éditeur. La simple saisie de l’absence dans le planning ne garantit pas l’envoi. Conservez le certificat de conformité, le bilan d’anomalies et, lorsque disponible, le compte rendu métier relatif aux indemnités.

Une correction doit passer par la procédure prévue, pas par l’effacement local de l’événement. Notez la donnée initiale, la donnée corrigée et la date. Rapprochez ensuite la DSN mensuelle du bulletin, notamment si l’arrêt chevauche deux mois.

5. Séparez indemnités journalières et maintien employeur

Les indemnités journalières de l’Assurance Maladie sont soumises aux conditions d’ouverture de droits du salarié. Pour une maladie ordinaire, un délai de carence de trois jours s’applique en principe aux IJ, avec des exceptions. En 2026, l’IJ correspond généralement à 50 % du salaire journalier de base dans la limite réglementaire ; son montant exact relève de la caisse.

Le complément légal ou conventionnel de l’employeur est une autre couche. Il dépend notamment de l’ancienneté, des justificatifs, de la situation et de la convention collective. Certaines conventions suppriment ou réduisent les carences, augmentent le taux ou prolongent la durée. N’appliquez pas la seule règle de Sécurité sociale à la paie.

Créez une fiche de maintien indiquant salaire de référence, carence, taux, durée, IJ estimées ou reçues, organisme de prévoyance et dates. Faites valider les cas complexes : rechute, arrêts successifs, temps partiel thérapeutique, entrée récente ou régularisation.

Le guide pour trouver la convention collective aide à identifier le texte. Il faut ensuite lire la garantie à la date de l’arrêt, en tenant compte des accords et du contrat. Une simulation ne doit pas être présentée au salarié comme le montant définitif de la caisse.

6. Comprenez la subrogation avant de maintenir le salaire

La subrogation permet, lorsque les conditions sont remplies, que les indemnités journalières soient versées à l’employeur qui maintient tout ou partie du salaire. Elle évite au salarié d’attendre deux payeurs, mais crée un besoin de rapprochement : les IJ estimées en paie ne correspondent pas toujours immédiatement aux sommes reçues.

Indiquez correctement la période de subrogation et les coordonnées bancaires dans l’attestation. La période demandée ne doit pas dépasser le maintien correspondant. Vérifiez la convention et les conditions légales ; ne cochez pas la subrogation seulement parce que l’entreprise l’utilise habituellement.

Chaque mois, rapprochez les bordereaux d’IJ, le compte bancaire et les déductions de paie par salarié et par arrêt. Analysez les écarts de dates, carences, plafonds ou régularisations. Une somme reçue globalement de la CPAM doit être imputée avant d’être considérée comme un produit acquis.

En l’absence de subrogation, les IJ sont versées au salarié et le bulletin tient compte du maintien applicable selon la méthode de paie. Expliquez le principe, mais orientez le salarié vers son compte ameli pour le calendrier individuel de versement.

7. Contrôlez le bulletin mois par mois

Rapprochez dates d’arrêt, jours calendaires, planning, absence saisie, retenue, maintien, IJ et éventuelle prévoyance. Un arrêt à cheval sur deux mois doit être ventilé sans double retenue. Une prolongation continue ne doit pas créer une nouvelle carence par défaut.

Ne cherchez pas seulement le net. Vérifiez le brut reconstitué, les cotisations, le net social, le net imposable et le prélèvement à la source. Le guide sur les contrôles du bulletin de paie fournit la grille complète. Conservez le calcul spécifique de l’arrêt avec le bulletin.

L’arrêt maladie non professionnel ouvre désormais des droits à congés payés dans la limite prévue par la loi. Paramétrez l’acquisition et l’information au retour. Le guide sur les congés payés en TPE détaille les deux jours ouvrables par mois, le plafond et le report.

Si les IJ réelles diffèrent de l’estimation, régularisez sur un bulletin identifié et expliquez le mouvement. Ne modifiez pas rétroactivement un PDF déjà remis sans version rectificative ni piste de correction.

8. Suivez les prolongations et les arrêts longs

Une prolongation reçue doit être rattachée au bon arrêt, avec continuité des dates ou explication d’une interruption. En DSN, actualisez la date de fin prévisionnelle selon la procédure de votre logiciel. L’Assurance Maladie indique qu’une prolongation continue ne nécessite pas de nouveau signalement initial de la même manière, mais les données doivent rester à jour.

Lorsque l’arrêt dépasse six mois sans interruption, des formalités particulières interviennent. Les employeurs en DSN suivent le traitement prévu par le signalement et le logiciel ; hors DSN, une nouvelle attestation peut être nécessaire. Contrôlez la consigne officielle au moment du franchissement plutôt que d’attendre un rejet.

Examinez aussi la prévoyance : délai de franchise, déclaration du sinistre, pièces, maintien et versement. La prévoyance ne remplace pas l’attestation CPAM. Un arrêt long nécessite souvent trois rapprochements distincts : paie, IJ de base et prestations complémentaires.

9. Organisez l’absence sans demander au salarié de travailler

Réaffectez les tâches, informez les interlocuteurs nécessaires et protégez les échéances. Ne sollicitez pas le salarié pour traiter des dossiers pendant l’arrêt. Si une information indispensable manque, cherchez d’abord les procédures et les relais ; une dépendance excessive à une personne est un risque d’organisation.

Le plan de continuité d’activité permet de définir un service minimum, et le document unique d’évaluation des risques structure la prévention. L’arrêt individuel ne prouve pas une cause professionnelle, mais plusieurs absences ou alertes peuvent justifier une revue collective des conditions de travail.

Ne communiquez pas le motif médical aux clients ou collègues. Une formulation comme « absent jusqu’à telle date prévisionnelle » suffit. Vérifiez les accès uniquement si une mesure de sécurité proportionnée est nécessaire ; un arrêt n’est pas un départ et ne justifie pas de supprimer définitivement le compte du salarié.

10. Préparez la reprise prévue, anticipée ou aménagée

À la date prévue, la reprise est portée dans la DSN mensuelle. Si le salarié reprend plus tôt, l’employeur doit le signaler dans les cinq jours suivant le retour. Obtenez l’information fiable et coordonnez la paie : une reprise anticipée non déclarée peut provoquer un versement indu d’IJ.

Une visite de reprise est requise après certaines absences. Pour une maladie ou un accident non professionnel, le seuil général est de 60 jours d’arrêt. Pour les arrêts délivrés à compter du 15 juin 2026, une dérogation s’applique toutefois, sauf demande du médecin du travail, de l’employeur ou du salarié, si une visite de préreprise a eu lieu dans les 30 jours précédant le retour et si le médecin a conclu qu’aucun aménagement du poste ou du temps de travail n’était nécessaire.

Dans les autres cas concernés, saisissez le service de prévention et de santé au travail dès que la date de fin est connue : l’examen est organisé le jour de la reprise effective ou au plus tard dans les huit jours. D’autres seuils s’appliquent après accident du travail, maladie professionnelle ou maternité.

Une visite de préreprise peut préparer le maintien en emploi pendant un arrêt long, selon les conditions et acteurs habilités. L’employeur peut informer le salarié de cette possibilité sans chercher à obtenir des informations médicales. Le médecin du travail, et non le manager, apprécie l’aptitude et propose les aménagements relevant de sa compétence.

Au retour, informez le salarié de ses droits à congés acquis et de la date limite de prise lorsque la règle l’exige. Mettez à jour le planning, la paie et les mesures d’aménagement, puis conservez les seuls documents nécessaires dans les dossiers à accès restreint.

11. Trois exemples hypothétiques pour éviter les confusions

Exemple hypothétique 1 : le volet 3 d’un arrêt du lundi au vendredi arrive mardi. La TPE, qui n’applique pas la subrogation, date la réception, confirme le dernier jour travaillé, transmet le signalement dans les cinq jours suivant la connaissance de l’arrêt, prévient la paie et conserve l’accusé. Elle n’interroge pas le salarié sur sa pathologie.

Exemple hypothétique 2 : un arrêt est prolongé sans interruption. L’entreprise rattache la nouvelle date à l’événement existant, actualise le logiciel et contrôle la continuité du maintien. Elle ne crée pas automatiquement une deuxième carence. Le gestionnaire confirme les règles conventionnelles.

Exemple hypothétique 3 : un salarié reprend deux jours avant la date prescrite. L’employeur enregistre la reprise, la signale dans les cinq jours, corrige la paie si nécessaire et informe le gestionnaire. Il vérifie séparément si une visite de reprise est requise compte tenu de la durée totale.

Ces exemples simplifient les droits individuels. Une affection de longue durée, une rechute, un temps partiel thérapeutique, une prévoyance ou un risque professionnel nécessitent un traitement spécifique.

12. La checklist employeur de l’arrêt à la reprise

• le risque et le document reçu sont-ils correctement identifiés ?
• la date de réception, le dernier jour travaillé et la période sont-ils enregistrés ?
• l’accès aux données médicales est-il limité ?
• le signalement ou l’attestation a-t-il été transmis dans le délai applicable ?
• les retours DSN ont-ils été contrôlés ?
• la convention, le maintien et la subrogation sont-ils documentés ?
• le bulletin et les IJ reçues sont-ils rapprochés ?
• la prolongation ou le franchissement de six mois est-il suivi ?
• l’organisation respecte-t-elle l’arrêt sans solliciter du travail ?
• la reprise, la visite éventuelle et l’information sur les congés sont-elles planifiées ?

Nommer un responsable et une échéance à chaque ligne transforme l’arrêt en processus maîtrisé. Un dossier complet protège l’indemnisation du salarié et évite les corrections de paie, sans collecter d’informations médicales superflues.

Sources officielles et primaires : Assurance Maladie — démarches de l’employeur en cas d’arrêt ; Assurance Maladie — délais de l’attestation selon la subrogation et le canal, 21 mai 2026 ; Assurance Maladie — subrogation de salaire ; Net-entreprises — déclaration sociale nominative ; Code du travail, article R. 4624-31 — visite de reprise et dérogation depuis juin 2026 ; Service Public — arrêt maladie d’un salarié. Consultées le 4 août 2026. Les droits à maintien, la prévoyance et les visites dépendent de la durée, de la convention et de la situation du salarié.

En résumé

La gestion d’un arrêt maladie repose sur des dates exactes, une transmission rapide et des rapprochements. Réceptionnez le volet utile sans diagnostic, envoyez l’attestation dans le circuit DSN, contrôlez maintien et subrogation, suivez les prolongations puis sécurisez la reprise. En séparant paie, indemnisation, organisation et santé au travail, la TPE protège le salarié tout en évitant les erreurs administratives.